Zavodi su osnovne ustrojbene jedinice fakulteta određene na temelju povezanosti i srodnosti znanstveno-istraživačkog, nastavnog i stručnog rada. U svom sastavu mogu imati katedre i laboratorije.
Na Fakultetu su ustrojeni sljedeći zavodi:
- Zavod za hidrotehniku i geotehniku
- Zavod za matematiku i druge predmete
- Zavod za nosive konstrukcije i tehničku mehaniku
- Zavod za prometnice, organizaciju i tehnologiju građenja i arhitekturu
- Zavod za računalno modeliranje materijala i konstrukcija
